В августе 2013 года в результате затяжного паводка и выпадения большого объема осадков на Дальнем Востоке и Южном Урале произошло крупное наводнение. В результате стихийного бедствия пострадали более 170 тысяч человек.
Городской комитет по ЧС города Хабаровска призвал всех горожан принять участие в работах по укреплению берега Амура. 21 августа к добровольцам-строителям дамбы присоединились все священнослужители города, которые не несли дежурства в своих храмах. Священники во главе с митрополитом Хабаровским и Приамурским Игнатием приняли участие в строительстве дамбы высотой 8,2 метров, чтобы приостановить надвигающееся затопление города (репортаж на сайте Диакония.ру).
Священнослужители Хабаровской епархии также помогали в эвакуации людей и доставляли гуманитарную помощь (репортаж на сайте Синодального отдела по благотворительности).
От последствий наводнения в августе 2013 года сильно пострадал Карталинский район Челябинской области: были разрушены 1257 домов, 98 домов не подлежали восстановлению. В первую очередь, люди нуждались в питьевой воде, предметах личной гигиены, памперсах для детей, одеялах, матрасах, подушках, постельном белье, средствах для просушки помещений и откачки воды, а также в моющих средствах.
По благословению Святейшего Патриарха Кирилла 28 августа был объявлен общецерковный сбор средств в помощь пострадавшим от наводнений на Дальнем Востоке и Южном Урале. На счет Синодального отдела по благотворительности поступило 107 млн 475 тысяч 693 рубля.
Из этих средств оплачивался ремонт домов и квартир, приобреталась мебель, бытовая техника, генераторы, насосы для откачки воды, инструменты для просушки и ремонта домов, а также металлоконструкции и поликарбонат для обустройства теплиц для частных дворов.
В августе сотрудник группы Церковной помощи в чрезвычайных ситуациях выехал в Челябинскую область и вместе с представителями Магнитогорской епархии посетил поселок Париж и город Карталы, передав пострадавшим гуманитарную помощь: вещи, детское питание, крупы, консервы, одноразовую посуду и 6,2 тонны бутилированной воды (репортаж на Диакония.ру).
14 сентября 2014 года Святейший Патриарх Кирилл посетил микрорайон Хабаровска, построенный для переселенцев из районов, подвергшихся затоплению во время наводнения. Предстоятель Русской Церкви вручил 11 семьям хабаровчан, потерявших жилье в результате наводнения, ключи от новых квартир. Жилье приобреталось на общецерковные средства (видео).